Nova ferramenta desenvolvida para sequenciar DNA circular

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Na foto está o CIDER-Seq, uma ferramenta recentemente desenvolvida para sequenciar DNA circular e extracromossômico circular, em ação. Crédito: Devang Mehta

Novo método fornecerá informações sobre genomas de bactérias e vírus, bem como circuitos extracromossômicos DNA em mamíferos e plantas.

Os biólogos da Universidade de Alberta inventaram uma nova maneira de sequenciar o DNA circular, de acordo com um novo estudo. A ferramenta – chamada CIDER-Seq – fornecerá a cientistas dados ricos e precisos sobre o DNA circular em qualquer tipo de célula.

Embora nosso próprio DNA seja linear, o DNA circular é comum nos genomas de bactérias e vírus. Os cientistas também descobriram DNA circular dentro dos núcleos de células humanas e vegetais, chamado DNA circular extracromossômico (eccDNA). Recentemente, pesquisas começaram a investigar o papel do eccDNA no câncer humano – mas o progresso foi dificultado devido à falta de métodos eficazes para estudar e sequenciar o eccDNA.

“Nosso avanço principal é que, através do nosso método, os cientistas podem finalmente obter uma compreensão imparcial e de alta resolução do DNA circular em qualquer tipo de célula”, explicou Devang Mehta, pós-doutorado no Departamento de Ciências Biológicas e principal autor. “Com nossa invenção do CIDER-Seq, podemos começar a entender a função desses misteriosos DNA circulares nas células humanas e vegetais.”

O CIDER-Seq usa a tecnologia de sequenciamento de DNA chamada PacBio. O método inclui um protocolo de laboratório na web, bem como um novo pipeline computacional. Ele é otimizado para examinar os genomas virais e o eccDNA e é disponibilizado online para outros cientistas.

“Criamos um novo método de biologia molecular e um novo algoritmo de bioinformática para finalmente obter sequencias completas de eccDNA”, explicou Mehta. “Nosso método finalmente nos permite sequenciar completamente essas moléculas e fornece a nós e a outros pesquisadores uma ferramenta para entender melhor o que eles realmente fazem na célula”.

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Referência: “Sequenciamento completo de vírus circulares de DNA e DNA circular extracromossômico usando CIDER-Seq” de Devang Mehta, Luc Cornet, Matthias Hirsch-Hoffmann, Syed Shan-e-Ali Zaidi e Hervé Vanderschuren, abril de 2020, Protocolos da natureza.
DOI: 10.1038 / s41596-020-0301-0

O trabalho foi uma colaboração com Herve Vanderschuren na Universidade de Liege, na Bélgica.

O financiamento para esta pesquisa foi fornecido pelas bolsas de Mehta da Swiss National Science Foundation e pelo Sétimo Programa-Quadro da Comissão Europeia. O laboratório de Vanderschuren foi apoiado pelo Fonds de la Recherche Scientifique e pelo programa LEAPAgri da União Europeia.

Fonte: scitechdaily.com

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